Die Europäische Union lehnte die Forderungen von Flughäfen und Fluggesellschaften nach einer Aussetzung der neuen biometrischen Grenzkontrollen ab. Diese Systeme zur Fingerabdruck- und Gesichtserkennung wurden trotz der Anerkennung von zwanzig „schwierigen Stellen“ mit Chaos in den Warteschlangen nicht gestoppt. EU-Beamte erklärten, dass eine vollständige Aussetzung des neuen Ein- und Ausreiseverfahrens (EES) weder notwendig noch möglich sei.
Das EES verlangte von Nicht-EU-Reisenden die Registrierung von Fingerabdrücken und Gesichtsbildern bei der ersten Einreise in den Schengen-Raum. Bei jeder weiteren Ausreise und erneuten Einreise mussten die biometrischen Daten überprüft werden. Die Luftfahrtbranche und Vertreter der Internationalen Luftverkehrs-Assoziation forderten die Aussetzung dieser Kontrollen bis zum nächsten Sommer, da sie vor Unruhen in beliebten Urlaubszielen befürchteten.
Die Fluggesellschaften berichteten von Verzögerungen und verpassten Anschlussflügen in Ländern wie Portugal, Spanien, Italien, Griechenland und Belgien. Ryanair warnte zudem vor Chaos in Flughäfen wie Málaga, Alicante und Palma. Die EU-Vertreter argumentierten jedoch, dass eine unterschiedliche Anwendung der Regeln in verschiedenen Ländern unmöglich sei. Eine Aussetzung würde zu einer „unglücklichen Situation von Reisenden führen, die an Grenzübergängen feststeckten“.
Ein solches Szenario trat beispielsweise ein, wenn ein Reisender aus Großbritannien in den Schengen-Raum eintrat, an dem die neuen Kontrollen aktiv waren, und über einen anderen Grenzübergang ausreiste, an dem sie nicht aktiv waren. In diesem Fall riskierte der Reisende, als überfälliger Aufenthalt von neunzig Tagen in einem Zeitraum von einhundertachtzig Tagen registriert zu werden und bei einer zukünftigen Reise die Einreise verweigert zu bekommen.
Die EU betonte, dass die Kontrollen, die acht Jahre in Anspruch nahmen, darauf ausgelegt waren, die Schwächen der Grenzkontrollen, die durch Terroranschläge in Brüssel und Paris 2015 und 2016 offengelegt wurden, zu beheben. Die Systeme hatten bereits 110 Millionen Reisen in den Schengen-Raum erfasst und etwa 44.500 Personen bei der Einreise verweigert. Der Hauptgrund für die Ablehnung der Einreise war „keine angemessene Begründung für den Besuch oder Aufenthalt“. Die zweitgrößte Gruppe der Ablehnungen betraf Personen, die ihren neunzig-tägigen Aufenthalt überschritten hatten.
Probleme mit der französischen Technologie verursachten Verzögerungen bei der vollständigen Umsetzung des Systems an der Eurotunnel. Die Einführung eines mobilen Hilfsprogramms von Frontex, das Reisenden erlaubte, Daten vor der Abreise hochzuladen, funktionierte nur teilweise. Die Möglichkeit einer temporären Aussetzung des Systems existierte, jedoch endete diese Option im September, was den Wünschen der Reisebranche nicht entsprach.