Mehr als vierzig Stunden nach dem Ausbruch eines tödlichen Fährenbrands stiegen philippinische Rettungskräfte am Freitag auf die verbrannten Überreste der MV June Aster. Die Suche nach zahlreichen vermissten Personen begann auf diesem Wrack, das von Manila zur Insel Coron fuhr. Bei den Rettungsaktionen wurden fünf Menschen tot aufgefunden, während 43 Personen gerettet wurden, von denen viele im Krankenhaus behandelt wurden. Insgesamt blieben achtzigvier Personen vermisst.
Die Besatzung sah sich erheblichen Schwierigkeiten gegenüber, als die Operationen am Mittwoch wegen toxischer Dämpfe und Hitze begannen. Die Behörden kämpften darum, die Schiffsstruktur zu betreten, da noch sichtbarer, dicker Rauch aufstieg. Die Küstenwache erklärte, dass die größte Herausforderung darin bestand, die Schiffsstruktur zu durchdringen, da hohe Temperaturen und giftiger Rauch ein ernstes Risiko für das Personal darstellten.
Der Zugang zur Schiffshülle gelang den Rettungskräften erst gegen 11:30 Uhr Ortszeit am Freitag. Der Rauch, der aus dem Schiff aufstieg, enthielt dichte, tödliche Konzentrationen von Kohlenmonoxid. Die Behörden berichteten zunächst von 86 Personen, die nicht gefunden wurden, doch am Freitagmorgen sank die Zahl auf 84, da zwei Passagiere, deren Namen auf dem Manifest standen, nicht an Bord gegangen waren.
Die Suchgebiete wurden erweitert. Die Küstenwache setzte ein eines ihrer größten Schiffe ein und führte Rundfunksendungen an Schiffe in der Umgebung durch. Die Suchteams wurden von Tauchern und Krankenpflegern begleitet. Ein lokaler Taucher in Coron berichtete, dass er und sein Team auf Abruf warteten und auf Anweisungen der Küstenwache warteten. Zudem führte die Küstenwache eine Luftaufnahme der Gewässer in der Nähe des Unglücksortes durch.
Die Untersuchung der Umstände des Vorfalls betraf das Schiff, das im Jahr 2002 gebaut wurde. Obwohl es gültige Sicherheitszertifikate besaß und eine Überprüfung im März bestanden hatte, untersuchten Ermittler mögliche Unstimmigkeiten im Manifest, die Integrität der Ladung sowie die Protokolle für den Notfall der Besatzung. Das Unternehmen Atienza Interisland Ferries versprach volle Kooperation bei der Untersuchung. Das Unternehmen gab in einer Erklärung am Donnerstag bekannt, dass es seine Herzen den betroffenen Familien widmete und nicht aufhören würde, bis alle Personen ermittelt waren.